据照初步规划，到二0二0年左右，深圳轨道交通三期工程将建九条线，初步估计工程总投资概算为八百亿元人民币。而深圳远期轨道网络规划已完成的初步方案提出，未来将建设十六条线路共计五百四十六公里轨道交通的设想。届时，深圳将形成完善的轨道交通网络，市民还可以通过城际轨道交通前往广州、东莞、惠州等地。

　　深圳轨道交通建设项目除轨道交通二期工程的五条地铁线路外，还包括穗莞深城际线、广深港客运专线、厦深铁路等国家铁路与城际线项目等。

　　穗莞深城际线是沿珠江东岸的城际铁路，未来将与深圳轨道交通一、二、四号线接驳，计划二00九年建成。该城际线自广州经东莞到达深圳机场，并在前海地区分别通往福田中心区、香港新机场两个方向。目前，广州至深圳机场段的工程预可行性研究已完成，正在上报项目建议书。由于广州至深圳机场段由省里负责投资建设，深圳方面将会同港方研究至香港支线的相关方案，以及机场以南线站位的规划。